Ο πρώην αρχηγός ΓΕΕΘΑ (σ.σ. την περίοδο 1999-2002) Μανούσος Παραγιουδάκης κατέθεσε στη δίκη για τις μίζες των εξοπλιστικών. Όπως είπε, το ΚΥΣΕΑ είχε υιοθετήσει την πρόταση του Άκη Τσοχατζόπουλου για τα υποβρύχια του πολεμικού ναυτικού καθώς υπήρχε εμπιστοσύνη: «ούτε συζήτηση ότι είχαμε εμπιστοσύνη στον υπουργό βάσει του Συντάγματος, ακόμα και αν μας έλεγε να πάμε σε πόλεμο. Στο τελευταίο ΚΥΣΕΑ έγιναν κάποιες ερωτήσεις από τον πρωθυπουργό Κ. Σημίτη και η εισήγηση του υπουργού έγινε αποδεκτή. Ήταν τόσο τεκμηριωμένη η πρόταση για την γερμανική εταιρία από την οποία θα παίρναμε τα υποβρύχια και τη συνεργασία με τα ναυπηγεία που και να ήθελε κάποιος δε θα μπορούσε να επιχειρηματολογήσει κατά της εισήγησης. Άλλωστε τα τρία ΚΥΣΕΑ που είχαν προηγηθεί, είχαν συμφωνήσει. Στη συνέχεια ανετέθη στο υπουργό Άμυνας να υλοποιήσει την απόφαση αυτή».
Σχετικά με τις μίζες ο κ. Παραγιουδάκης είπε ότι «στις διαδικασίες αυτές έχω την αίσθηση ότι δεν υπήρξε δωροδοκία. Για τα υπόλοιπα δε γνωρίζω. Δεν αποκλείω να υπήρξαν μίζες από τη στιγμή μάλιστα που τουλάχιστον ένας εμπλεκόμενος ο κ. Κάντας το έχει ομολογήσει. Εμείς είμαστε αφοσιωμένοι στρατιωτικοί».
Επίσης ο μάρτυρας κατέθεσε ότι στην κρίσιμη συνεδρίαση του ΚΥΣΕΑ για τα υποβρύχια είχαν τηρηθεί πρακτικά.
Για τα «Τor-Μ1» είπε ότι ως αρχηγός ΓΕΣ είχε προτείνει 4 αντιαεροπορικά και ότι τα «tor» ήταν η τελευταία του επιλογή στη λίστα καθώς δεν είχαν δοκιμαστεί αρκετά. Ωστόσο ήταν αυτά που τελικά επιλέχθηκαν ήταν πολιτική απόφαση. Δε γνωρίζω γιατί» ανέφερε ο μάρτυρας.
