Διαδικαστικό ζήτημα με τον τρόπο λειτουργίας των τεσσάρων εξεταστικών επιτροπών για τα σκάνδαλα του Χρηματιστήριου, των ομολόγων , του Βατοπεδίου και της Siemens, προκύπτει εξαιτίας της ταυτόχρονης συνεδρίασης και των επιτροπών.
Στον πρόεδρο της Βουλής, Φίλιππο Πετσάλνικο, έχουν φθάσει «ενστάσεις» των μικρών κοινοβουλευτικών κομμάτων, τα οποία αντιδρούν για την ταυτόχρονη συνεδρίαση των επιτροπών, με το αιτιολογικό ότι δεν θα διαθέτουν τους απαιτούμενους βουλευτές για το νομοθετικό έργο και για τον κοινοβουλευτικό έλεγχο.
Λαμβάνοντας υπόψη αυτό το λειτουργικό πρόβλημα, η κυβέρνηση προσανατολίζεται στο να συνεδριάζουν κάθε φορά δύο εξεταστικές Επιτροπές, προκειμένου να μη διαταραχθεί το νομοθετικό έργο.
Αν και δεν έχουν ληφθεί τελικές αποφάσεις, το ζήτημα είναι ότι η κυβέρνηση και η αντιπολίτευση προσανατολίζονται να «κλείσουν» τη διαδικασία των Εξεταστικών Επιτροπών πριν από το Πάσχα του 2010, εκτός αν απαιτηθεί να δοθεί κάποια παράταση λόγω φόρτου εργασίας των επιτροπών.