Μια σημαντική πρόταση για μείωση του ΦΠΑ για τις ακτοπλοϊκές συγκοινωνίες κάνει το Κέντρο Προγραμματισμού και Οικονομικών Ερευνών (ΚΕΠΕ) ευελπιστώντας ότι τη μείωση των τιμών θα ακολουθήσει η αύξηση της ζήτησης επομένως και των εσόδων τόσο του κράτους όσο και των εταιριών.
Έτσι, λοιπόν, ΚΕΠΕ προτείνει εναλλακτικά: πρώτον , το τμήμα του καθαρού ναύλου που ισούται με το κρατικό ναυλολόγιο σε κάθε γραμμή (απελευθερωμένη ή άγονη γραμμή) να φορολογείται με τον υπερμειωμένο συντελεστή ΦΠΑ που σήμερα είναι 6,5%, τόσο για τους επιβάτες όσο και τα οχήματα ενώ το τμήμα του καθαρού ναύλου που είναι πάνω από το κρατικό ναυλολόγιο να φορολογείται με τον ισχύοντα σήμερα μειωμένο ΦΠΑ (13%) για τους επιβάτες και τον πλήρη ΦΠΑ (23%) για τα οχήματα.
Δεύτερη πρόταση του ΚΕΠΕ είναι η επέκταση της ειδικής φορολογικής μεταχείρισης των απομακρυσμένων νησιών (μειωμένος ΦΠΑ κατά 30%) και στους ακτοπλοϊκούς ναύλους που αφορούν αυτά τα νησιά πράγμα που σημαίνει ΦΠΑ 9% αντί για 13% στη μεταφορά επιβατών και 16% αντί για 23% στη μεταφορά οχημάτων και φορτηγών.
Σε κάθε περίπτωση, το σημαντικό είναι ότι το ΚΕΠΕ θεωρεί ως επιτακτική ανάγκη την μείωση του ΦΠΑ.
