Τα αίτια της ανδρικής υπογονιμότητας μπορούν να ταξινομηθούν σε κατηγορίες ανάλογα με τους αιτιολογικούς τους παράγοντες:
Ορμονικά προβλήματα
Ενδοκρινολογικές παθήσεις που σχετίζονται με την υπογονιμότητα περιλαμβάνουν υπολειτουργία της υπόφυσης, σύνδρομο Kallman (έλλειψη γοναδοτροπινών), προλακτίνωμα, διαταραχές του θυρεοειδούς αδένα.
Διαταραχές των όρχεων
Στην κατηγορία αυτή υπάγονται η πρωτοπαθής ανεπάρκεια των όρχεων, είτε λόγω γενετικών ανωμαλιών (σύνδρομο Down, σύνδρομο Klinefelter, κυστική ίνωση) είτε λόγω προβληματικής αναπτύξεως των όρχεων (κρυψορχία, ατροφία, germ cell aplasia, sertoli cell – Οnly syndrome ή και ανορχία), όγκοι, τραύματα και φλεγμονές-μη αποφρακτική αζωοσπερμία.
Ανοσοβιολογικοί παράγοντες
Ορισμένα άτομα αναπτύσσουν αντισώματα έναντι των σπερματοζωαρίων τους (αυτοαντισώματα). Όταν ο τίτλος των αντισωμάτων αυτών στο αίμα ή στο σπέρμα (αντισπερμικά αντισώματα) είναι αυξημένος, αυτό αποτελεί μία σημαντική αιτία υπογονιμότητας. Η αιτία αυτού συνήθως είναι είτε μια χειρουργική επέμβαση είτε μία φλεγμονή η οποία διασπά τον ορχικό φραγμό.
Συστηματικά νοσήματα
Διαταραχές της νεφρικής λειτουργίας, ο σακχαρώδης διαβήτης, η παχυσαρκία- μεταβολικό σύνδρομο-, η κίρρωση του ήπατος κ.λπ. μπορεί να δημιουργήσουν προβλήματα στην αναπαραγωγική ικανότητα ενός άνδρα.