Ως υπεύθυνοι παράγοντες για την πρόκληση της ανδρικής υπογονιμότητας μπορεί να είναι διαταραχές πέραν των όρχεων.
Στην κατηγορία αυτή υπάγονται η αποφρακτική αζωοσπερμία (πλήρης απόφραξη) και η ολιγοασθενοσπερμία (μερική απόφραξη) που αποδίδονται σε ανωμαλίες ή απόφραξη του εκφορητικού συστήματος (επιδιδυμίδα, σπερματικός πόρος, σπερματικά σωληνάρια). Αυτό μπορεί να οφείλεται σε συγγενείς ανωμαλίες (συγγενής έλλειψη των σπερματικών πόρων ή στένωση των σπερματικών σωληναρίων), να είναι αποτέλεσμα φλεγμονών σε (επιδιδυμίτιδα, προστατίτιδα) ή σε μετεγχειρητικές καταστάσεις (βασεκτομή). Στην ίδια κατηγορία ανήκουν η κιρσοκήλη, η ανεπάρκεια δηλαδή των φλεβών του όρχεως, λοιμώξεις από ιούς κατά την παιδική ή/και την ενήλικο ζωή – π.χ. λοίμωξη από τον ιό του έρπητα των γεννητικών οργάνων επηρεάζουν επίσης τη σπερματογένεση. Υπάρχουν ενδείξεις, επίσης, ότι τα Ureoplasma urelyticum, Chlamydia trachomatis κι άλλα βακτηρίδια μπορούν να προκαλέσουν υπογονιμότητα στους άνδρες
Η παλίνδρομη εκσπερμάτιση αποτελεί και αυτή μία -αν και λιγότερο συχνή- αιτία ανδρικής υπογονιμότητας. Στην περίπτωση αυτή το σπέρμα παλινδρομεί εντός της ουροδόχου κύστεως κατά την εκσπερμάτιση και εξέρχεται κατά την ούρηση.
Η σεξουαλική δυσλειτουργία περιλαμβάνει παράγοντες που επηρεάζουν τη συνουσία ή την εναπόθεση του σπέρματος εντός του κόλπου (έλλειψη στύσεως, υποσπαδία, διαταραχές εκσπερμάτισης, πολύ μεγάλα ή πολύ μικρά διαστήματα αποχής, χρήση τοξικών για το σπέρμα ουσιών).
