Μπορεί κάποτε να θεωρήθηκαν η απάντηση στο πετρέλαιο, σήμερα όμως δέχονται συνεχώς επικρίσεις για την επίπτωση που θα έχουν στις τιμές των γεωργικών προϊόντων εξαιτίας της μείωσης της καλλιεργήσιμης γης αλλά και στο περιβάλλον. Νέα αμερικανική μελέτη αποκαλύπτει ότι η χρήση βιοκαυσίμων που παράγονται από ειδικές ενεργειακές καλλιέργειες μπορεί μάλλον να επιδεινώσει και όχι να επιβραδύνει την άνοδο της θερμοκρασίας του πλανήτη, ενισχύοντας την καταστροφή των δασών της βροχής.
Η εν λόγω μελέτη έγινε από την Χόλι Γκιμπς του Ινστιτούτου Woods για το Περιβάλλον του Πανεπιστημίου Στάνφορντ των ΗΠΑ και παρουσιάστηκε στο ετήσιο Συνέδριο της Αμερικανικής Ένωσης για την Προώθηση της Επιστήμης. Σύμφωνα με αυτή «αν κινούμε τα αυτοκίνητά μας με βιοκαύσιμα που παρήχθησαν στους τροπικούς, υπάρχει μεγάλη πιθανότητα ότι στην ουσία καίμε τα βροχο-δάση μέσα στα ρεζερβουάρ της βενζίνης μας».
Η Γκιμπς μελέτησε δορυφορικές φωτογραφίες από το 1980 έως το 2000 και παρατήρησε ότι οι μισές από τις νέες αγροτικές καλλιέργειες προήλθαν από την αντικατάσταση τμημάτων παρθένων δασών της βροχής και ένα 30% από δάση που είχαν ήδη καταπατηθεί. «Όταν τα δέντρα κόβονται για να κάνουν χώρο στις νέες καλλιέργειες, συνήθως καίγονται στέλνοντας τον αποθηκευμένο άνθρακά τους στην ατμόσφαιρα σαν διοξείδιο», δήλωσε η ερευνήτρια για να συμπληρώσει ότι το ένα έως τα δύο τρίτα της πρόσφατης αποψίλωσης των δασών, κυρίως στην τροπική ζώνη, οφείλεται στην αυξημένη ζήτηση για βιοκαύσιμα.
Τα βιοκαύσιμα μπορεί να αποδειχτούν υπεύθυνα για την απελευθέρωση περισσότερου διοξειδίου του άνθρακα στην ατμόσφαιρα, αλλά θα μπορούσαν να αποτελέσουν εναλλακτική πηγή καυσίμων, αν δεν προέρχονται από δασικές περιοχές ή αν δεν ανταγωνίζονται τις καλλιέργειες για τροφή.