Με τις ομάδες της Γ’ Εθνικής ξεκινάει στις 22 και 23 Αυγούστου το Κύπελλο Ελλάδας. Οι νικητές των 18 αγώνων της πρώτης φάσης θα προκριθούν στο δεύτερο γύρο που θα διεξαχθεί στις 2 Σεπτεμβρίου, ενώ οι ομάδες της Super League θα δώσουν τα πρώτα τους παιχνίδια στις 28 Σεπτεμβρίου.
Η κληρώσεις των τριών πρώτων φάσεων:
1η φάση, 22-23/8/2009:
1. Ασπρόπυργος-Αίας Σαλαμίνας
2. ΠΑΟ Ν. Επιβατών-Παναιγιάλειος
3. Μακεδονικός-Εθνικός Φιλιππιάδας
4. Φωστήρας-Ατσαλένιος
5. Εορδαϊκός-Κοζάνη
6. Αναγ. Γιαννιτσών-Χαϊδάρι
7. Πλατανιάς-Νίκη Βόλου
8. Ρόδος-Κόρινθος
9. Φωκικός-Οδυσσέας Αναγ.
10. Βισαλτιακός-Κεραυνός Κερατέας
11. Σαρωνικός-Θερμαϊκός
12. Παναργειακός-Βύζας Μεγάρων
13. Δόξα Κρανούλας-Ζάκυνθος
14. Πυρσός Γρεβενών-Καλλιθέα
15. Παναχαϊκή-Ολ. Χερσονήσου
16. Αναγ. Επανωμής-ΠΑΟ Ρουφ
17. Βέροια-Αγία Παρασκευή
18. Τρίκαλα-Καστοριά
2η φάση, 2/9/2009
19. Νικητής 1-Διαγόρας
20. Νικητής 2-Ηλιούπολη
21. Νικητής 3-Πανσερραϊκός
22. Νικητής 4-Εθνικός Αστέρας
23. Νικητής 5-Δόξα Δράμας
24. Νικητής 6-ΟΦΗ
25. Νικητής 7-Θρασύβουλος
26. Νικητής 8-Καλαμάτα
27. Νικητής 9-Αγροτικός Αστέρας
28. Νικητής 10-Κέρκυρα
29. Νικητής 11-Εθνικός Πειραιά
30. Νικητής 12-Ολυμπιακός Βόλου
31. Νικητής 13-Ιωνικός
32. Νικητής 14-Απολ. Καλαμαριάς
33. Νικητής 15-Ηλυσιακός
34. Νικητής 16-Πιερικός
35. Νικητής 17-Παναιτωλικός
36. Νικητής 18-Αναγ. Καρδίτσας
3η φάση, 23/9/2009
37. Νικητής 19-Νικητής 22
38. Νικητής 20-Νικητής 25
4η φάση, 28/10/2009
39. Νικητής 21-Ολυμπιακός
40. Νικητής 23-Παναθηναϊκός
41. Νικητής 24-ΠΑΟΚ
42. Νικητής 26-ΠΑΣ Γιάννινα
43. Νικητής 27-Καβάλα
44. Νικητής 28-Ατρόμητος
45. Νικητής 29-Ξάνθη
46. Νικητής 30-Λάρισα
47. Νικητής 31-Λεβαδειακός
48. Νικητής 32-Πανθρακικός
49. Νικητής 33-Αστέρας Τρίπολης
50. Νικητής 34-Εργοτέλης
51. Νικητής 35-Πανιώνιος
52. Νικητής 36-Ηρακλής
53. Νικητής 37-Αρης
54. Νικητής 38-ΑΕΚ
