Η Κομισιόν δέχεται το 2003 καταγγελίες, σύμφωνα με τις οποίες πολλά δημόσια νοσοκομεία στην Ελλάδα απορρίπτουν προσφορές από προμηθευτές ιατρικού εξοπλισμού, έστω και αν αυτές φέρουν τη σήμανση πιστοποίησης CE, όπως για ιατρικά γάντια και νήματα που χρησιμοποιούνται στις εγχειρήσεις.

Σύμφωνα με την ευρωπαϊκή νομοθεσία, τα κράτη-μέλη μπορούν να εμποδίσουν τη χρησιμοποίηση ή τη διάθεση ιατρικού εξοπλισμού στην εσωτερική τους αγορά μόνον υπό αυστηρές προϋποθέσεις, όπως είναι η εικαζόμενη παραποίηση ή τυχόν αμφιβολίες όσον αφορά στην ασφάλεια της δημόσιας υγείας. Σε καμία άλλη περίπτωση.

Έτσι, η Κομισιόν ξεκινά μία έρευνα, ώστε να διερευνηθούν οι λόγοι που η Ελλάδα απορρίπτει ξένους προμηθευτές.

Στην έρευνά της, η Επιτροπή διαπίστωσε ότι οι τεχνικές προδιαγραφές στην προκήρυξη του διαγωνισμού ήταν μεροληπτικού χαρακτήρα και δημιουργούσαν διακρίσεις, αποκλείοντας, στην πράξη, οποιονδήποτε προμηθευτή ιατρικού εξοπλισμού που φέρει τη σήμανση CE στο να συμμετέχει σε ανταγωνιστική διαδικασία προσφορών για την προμήθεια πολλών ελληνικών δημόσιων νοσοκομείων.

Επιπλέον, η Επιτροπή διαπίστωσε ότι τα ελληνικά δημόσια νοσοκομεία δεν έλαβαν, πιθανότατα, την πλέον συμφέρουσα από οικονομική άποψη προσφορά, με αποτέλεσμα τη σπατάλη χρημάτων των φορολογουμένων, καθώς επέλεγαν τελικά τα ακριβά.

Η έρευνα διεξήχθη σε συνολικά 17 νοσοκομεία και η επιτροπή επεσήμανε ότι κάθε μήνα η Ελλάδα δαπανά περίπου 60 εκατ. ευρώ σε ιατρικό εξοπλισμό.

Αυτή, όμως, φαίνεται πως ήταν μόνο η αρχή. Με άλλη απόφασή της, η Επιτροπή αποφάσισε να παραπέμψει την Ελλάδα στο Ευρωπαϊκό Δικαστήριο για την απευθείας σύναψη σύμβασης παροχής δημοσίων υπηρεσιών σχετικά με τη διαχείριση επικίνδυνων ιατρικών αποβλήτων στην Αττική, χωρίς προηγούμενη δημοσίευση προκήρυξης διαγωνισμού, σύμφωνα με τους κανόνες της ΕΕ για τις δημόσιες συμβάσεις.

Τον Νοέμβριο του 2008, η Εθνική Επιτροπή Προμηθειών Υγείας ανέθεσε απευθείας σύμβαση παροχής υπηρεσιών για τη διαχείριση επικίνδυνων ιατρικών αποβλήτων, κατόπιν διαδικασίας διαπραγμάτευσης.
Από τον επιλεχθέντα ανάδοχο ζητείται η διαχείριση ιατρικών αποβλήτων, π.χ. αίματος, μολυσμένων βελόνων, νυστεριών και άλλων κοπτερών εργαλείων, προερχομένων από νοσοκομεία της περιφερειακής υγειονομικής υπηρεσίας Αττικής.

Σύμφωνα με την Επιτροπή δεν προκηρύχθηκε νωρίτερα διαγωνισμός, ενώ η συνολική αξία της σύμβασης εκτιμάται ότι ανέρχεται σε 2,2 εκατ. ευρώ.