Μόνο στον τελικό του κυπέλλου στο μπάσκετ θα συναντηθούν Παναθηναϊκός και Ολυμπιακός. Από την κλήρωση της τρίτης φάσης του θεσμού, πρόεκυψαν τα ζευγάρια του Παναθηναϊκού με τον Πανελλήνιο και του Άρη με τον Πανιώνιο.
Από εκεί και πέρα, ο Ολυμπιακός θα αντιμετωπίσει το νικητή του ζευγαριού του Ηλυσιακού με την ΑΕΚ, ενώ το Μαρούσι θα κοντραριστεί με το νικητή του ζευγαριού Ολυμπιάδα Πατρών – Ολύμπια Λάρισας.
Ο τελικός του κυπέλλου είναι προγραμματισμένος για τις 21 Φεβρουαρίου.
Προημιτελικά (18-19 Νοεμβρίου 2008)
39. Μαρούσι-Νικητής (Ολυμπιάδα Π.-Ολύμπια Λάρ.)
40. Παναθηναϊκός-Πανελλήνιος
41. Ολυμπιακός-Νικητής (Ηλυσιακός-ΑΕΚ)
42. Άρης-Πανιώνιος
Ημιτελικά (24 Ιανουαρίου 2009)
43. Ν41-Ν42
44. Ν39-Ν40