Εννέα παράκτιες περιοχές της Ελλάδας φαίνεται να είναι ιδιαίτερα ευαίσθητες στον ευτροφισμό που δημιουργείται εξαιτίας της ρύπανσης, σύμφωνα με έκθεση του Εθνικού Κέντρου Περιβάλλοντος και Αειφόρου Ανάπτυξης (ΕΚΠΑΑ).
Από το φαινόμενο του ευτροφισμού -της αυξημένης δηλαδή συγκέντρωσης θρεπτικών στοιχείων που «πολλαπλασιάζει» άλγες και βακτήρια, τα οποία «κλέβουν» το οξυγόνο από τα ψάρια– κινδυνεύουν ο Κόλπος της Ελευσίνας, ο Έσω Σαρωνικός Κόλπος, ο Κόλπος της Θεσσαλονίκης, ο Αμβρακικός και η Λιμνοθάλασσα του Μεσολογγίου, ενώ ο Παγασητικός Κόλπος, ο Αργολικός, ο Πατραϊκός και ο Κόλπος του Ηρακλείου επηρεάζονται σημαντικά. Τα τελευταία αποτελέσματα δείχνουν ότι τα περιβαλλοντικά προβλήματα στα παράκτια οικοσυστήματα οφείλονται κυρίως στα επεξεργασμένα αστικά και βιομηχανικά υγρά απόβλητα και στις απορροές από τις γεωργικές περιοχές.
Η μεγαλύτερη ρύπανση παρατηρείται στον Κόλπο της Ελευσίνας, αφού εκεί καταλήγουν ανεπεξέργαστα βιομηχανικά υγρά απόβλητα από ναυπηγεία, διυλιστήρια πετρελαίου, βιομηχανία τσιμέντου, χαρτιού, απορρυπαντικών και τροφίμων. Περιστασιακά παρατηρούνται φαινόμενα ευτροφισμού στον Έσω Σαρωνικό Κόλπο, ο οποίος δέχεται επεξεργασμένα αστικά υγρά απόβλητα της πρωτεύουσας και επεξεργασμένα βιομηχανικά απόβλητα. Ο Κόλπος της Θεσσαλονίκης δέχεται επεξεργασμένα αστικά και βιομηχανικά απόβλητα της πόλης και της Βιομηχανικής Περιοχής Καλοχωρίου, ενώ ο Αμβρακικός δέχεται τα λύματα της Άρτας, αλλά και γεωργικές απορροές. Η Λιμνοθάλασσα του Μεσολογγίου δέχεται τα μερικώς επεξεργασμένα λύματα της πόλης και γεωργικές απορροές, που σε συνδυασμό με τα αβαθή νερά την καθιστούν επιρρεπή στον ευτροφισμό. Ο Παγασητικός Κόλπος εμφανίζει κατά καιρούς υψηλές συγκεντρώσεις θρεπτικών και οργανικού φορτίου που συνδέονται με περιστατικά ευτροφισμού και υψηλές συγκεντρώσεις βαρέων μετάλλων.
Ωστόσο, κάθε χρόνο, η αναγγελία των Γαλάζιων Σημαιών για τις ελληνικές ακτές (φέτος 430), θέτει στο περιθώριο την κατάσταση που αποκαλύπτει το Εθνικό Πρόγραμμα Συστηματικής Παρακολούθησης Θαλάσσιας Ρύπανσης (με μετρήσεις που πραγματοποιεί σε 139 σημεία).
