Με μόνη έκπληξη την πρόκριση της Νέφτσι Μπακού σε βάρος της Γκέρμιναλ, ομαλά κύλησε η δεύτερη φάση του κυπέλλου Ιντερτότο. Ο Πανιώνιος ανέτρεψε το 1-0 του αγώνα στο Βελιγράδι και με 3-1, πήρε την πρόκριση για την τελική φάση του θεσμού, απέναντι στην ΟΦΚ.
Η Γκρασχόπερς δε δυσκολεύτηκε και με 3-0 στην Αλβανία διπλασίασε τις νίκες της κόντρα στη Μπέσα. Η Χόνβεντ κράτησε το 1-3 του πρώτου αγώνα και παρά την ήττα στην έδρα της με 2-0 από την Τέπλιτσε, πέρασε στην επόμενη φάση του θεσμού.
Η Τσερνομόρετς, ότι δεν κατάφερε στην έδρα της το πέτυχε στη Σλοβενία, κερδίζοντας με 2-0 τη Γκόριτσα, ενώ η Σάτουρν μετά το επιβλητικό 7-0 του πρώτου ματς, πήρε ισοπαλία στην έδρα της Ετζέλα και πέρασε στην τρίτη φάση.
Η Στουρμ Γκρατς στη Λευκορωσία, αν και έμεινε από το δεύτερο λεπτό με δέκα παίκτες κράτησε το 0-0 και με τα δύο γκολ του πρώτου ματς πήρε την πρόκριση.
Στην Τουρκία, η Σίβασπορ με γκολ στο τέλος του αγώνα κέρδισε την Γκρμπάλι, ενώ η φορμαρισμένη Έλφσμποργκ κέρδισε και πάλι με 2-0 τη Χιμπέρνιαν της Σκωτίας. Η Τάβρια νίκησε 3-1 τη Τίραλσπολ της Μολδαβίας, ενώ εύκολες προκρίσεις πήραν Ρόζενμποργκ, Μπνέι Σακχίν και Οντένσε.
Τέλος, η Ρίγα έχασε με 2-1 από τη Μποέμιαν στην Ιρλανδία, αλλά πήρε την πρόκριση χάρη στο εκτός έδρας γκολ.
Συνοπτικά ο β’ γύρος:
Γκρασχόπερς (Ελβετία) – Μπέσα (Αλβανία) 2-1, 3-0
Τέπλιτσε (Τσεχία) – Χόνβεντ (Ουγγαρία) 1-3, 2-0
Τσερνομόρετς Μπουργκάς (Βουλγαρία) – Νόβα Γκόριτσα (Σλοβενία) 1-1, 2-0
Γκέρμιναλ (Βέλγιο) – Νέφτσι Μπακού (Αζερμπαϊτζάν) 1-1, 0-1
Σάτουρν (Ρωσία) – Ετζέλα (Λουξεμβούργο) 7-0, 1-1
Στουρμ Γκρατς (Αυστρία) – Σαχτιόρ Σολιγκόρσκ (Λευκορωσία) 2-0, 0-0
Γκρμπάλι (Μαυροβούνιο) – Σίβασπορ (Τουρκία) 2-2, 0-1
Τίρασπολ (Μολδαβία) – Τάβριγια (Ουκρανία) 0-0, 1-3
Χιμπέρνιαν (Σκωτία) – Έλφσμποργκ (Σουηδία) 0-2, 0-2
Σκόντο Ρίγα (Λετονία) – Μποέμιανς (Ιρλανδία) 1-0, 1-2
Ρένοβα (Σκόπια) – Μπέι Σακχίν (Ισραήλ) 1-2, 0-1
Ερκάνας (Λιθουανία) – Ρόζενμποργκ (Νορβηγία) 1-3, 0-4
ΟΦΚ Βελιγραδίου (Σερβία) – ΠΑΝΙΩΝΙΟΣ (ΕΛΛΑΔΑ) 1-0, 1-3
Τούρκου (Φινλανδία) – Οντένσε (Δανία) 1-2, 0-2
Η επόμενη φάση:
Μπνέι Σακχίν (Ισραήλ) – Ντεπορτίβο Λα Κορούνια (Ισπανία)
ΠΑΝΙΩΝΙΟΣ (ΕΛΛΑΔΑ) – Νάπολι (Ιταλία)
Σίβασπορ (Τουρκία) – Μπράγκα (Πορτογαλία)
Γκρασχόπερς (Ελβετία) – Τσερνομόρετς Μπουργκάς (Βουλγαρία)
Σάτουρν (Ρωσία) – Στουτγκάρδη (Γερμανία)
Νέφτσι Μακού (Αζερμπαϊτζάν) – Βάσλουϊ (Ρουμανία)
Ρεν (Γαλλία) – Τάβριγια (Ουκρανία)
Στουρμ Γκρατς (Αυστρία) – Χόνβεντ (Ουγγαρία)
Μπρέντα (Ολλανδία) – Ρόζενμποργκ (Νορβηγία)
Οντένσε (Δανία) – Άστον Βίλα (Αγγλία)
Έλφσμπορκγ (Σουηδία) – Σκόντο Ρίγα (Λετονία)
