Υπέρ της επανάληψης της «δίκης των 6» τάχθηκε ο αντεισαγγελέας του Αρείου Πάγου Αθαν. Κονταξής, ενώπιον της Ολομέλειας του Ανωτάτου Δικαστηρίου.
Η υπόθεση της «δίκης των 6» απασχόλησε την Ολομέλεια του ΑΠ μετά από παραπομπή από το Ποινικό Τμήμα, καθώς οι αρεοπαγίτες του εν λόγω Τμήματος αποφάσισαν για το θέμα αυτό με διαφορά μιας ψήφου (3-2).
Η πλειοψηφία του Ποινικού Τμήματος τάχθηκε υπέρ της επανάληψης της δίκης των 6, καθώς έχουν αποκαλυφθεί νέα άγνωστα γεγονότα, σύμφωνα με τα οποία οι έξι ήταν αθώοι.
Η μειοψηφία πρότεινε να απορριφθεί η αίτηση επανάληψης της δίκης, υποστηρίζοντας ότι τα στοιχεία που προσκομίστηκαν δεν θεμελιώνουν την βασιμότητα της επανάληψης της δίκης των 6.
Στον Άρειο Πάγο αίτηση επανάληψης της δίκης υπέβαλε στις 20 Ιανουαρίου του 2008 ο Μιχάλης Πρωτοπαπαδάκης, εγγονός του Πέτρου Πρωτοπαπαδάκη, υποστηρίζοντας ότι υπάρχουν νέα γεγονότα και νέες αποδείξεις που καθιστούν πρόδηλη την πλάνη περί των πραγμάτων κατά την διεξαγωγή της δίκης το 1922.
Το 1922 μετά την Μικρασιατική Καταστροφή εκδηλώθηκε στρατιωτικό κίνημα υπό τους συνταγματάρχες Πλαστήρα και Γονατά και τον αντιπλοίαρχο Φωκά.
Στη συνέχεια, συγκροτήθηκε στην Αθήνα Επαναστατική Επιτροπή, η οποία έκανε εκτεταμένες συλλήψεις αντιβενιζελικών πολιτικών.
Σε διαδήλωση 100.000 ανθρώπων στην Πλατεία Συντάγματος, στις 9 Οκτωβρίου, ζητήθηκε η εκτέλεση των υπευθύνων της τραγωδίας.
Οι Πάγκαλος, Οθωναίος, Χατζηκυριάκος αλλά και ο Αλέξανδρος Παπαναστασίου απαίτησαν εκτελέσεις.
Με το πόρισμα της Επιτροπής (24 Οκτωβρίου), παραπέμφθηκαν να δικαστούν στο Έκτακτο Στρατοδικείο με την κατηγορία της εσχάτης προδοσίας οκτώ πρόσωπα, που έπαιξαν πρωταγωνιστικό ρόλο την περίοδο 1920-1922, οι:
Δημήτριος Γούναρης, 59 ετών, πρώην πρωθυπουργός,
Πέτρος Πρωτοπαπαδάκης, 68 ετών, πρώην πρωθυπουργός,
Νικόλαος Στράτος, 50 ετών, πρώην πρωθυπουργός,
Νικόλαος Θεοτόκης, 44 ετών, υπουργός Στρατιωτικών στην Κυβέρνηση Πρωτοπαπαδάκη,
Γεώργιος Μπαλτατζής, 56 ετών, υπουργός Εξωτερικών στις κυβερνήσεις Γούναρη, Πρωτοπαπαδάκη,
Ξενοφών Στρατηγός, υποστράτηγος, ε.α., 53 ετών, υπουργός Συγκοινωνιών στην κυβέρνηση Γούναρη,
Μιχαήλ Γούδας, υπονάυαρχος ε.α., 54 ετών, υπουργός Εσωτερικών στην κυβέρνηση Γούναρη,
Γεώργιος Χατζηανέστης, αντιστράτηγος, 59 ετών, Αρχιστράτηγος Μικράς Ασίας και Θράκης.
Η δίκη διεξήχθη από τις 31 Οκτωβρίου έως τις 15 Νοεμβρίου 1922 στην Παλαιά Βουλή. Το Στρατοδικείο παμψηφεί επέβαλε στους μεν Γεώργιο Χατζηανέστη, Δημήτριο Γούναρη, Νικόλαο Στράτο, Πέτρο Πρωτοπαπαδάκη, Γεώργιο Μπαλτατζή και Νικόλαο Θεοτόκη την ποινή του θανάτου. Στους Μιχαήλ Γούδα και Ξενοφώντα Στρατηγό την ποινή των ισοβίων δεσμών. Διέταξε την στρατιωτική καθαίρεση του αρχιστράτηγου Γεωργίου Χατζηανέστη, του υποστράτηγου Ξενοφώντος Στρατηγού και του υποναυάρχου Μιχαήλ Γούδα, ενώ τους επέβαλε και χρηματικές ποινές.
Ο επαναστατικός επίτροπος Νεόκοσμος Γρηγοριάδης ήταν αυτός που μετέβη στις φυλακές Αβέρωφ, όπου κρατούντο οι έξι και τους ανακοίνωσε την καταδικαστική απόφαση.
Δύο φορτηγά τους παρέλαβαν και τους μετέφεραν στο Γουδή, όπου εκτελέστηκαν.
