Στον επόμενο γύρο του Τσάμπιονς Λιγκ, αλλά σαν δεύτερη πέρασε η Ίντερ. Η ομάδα του Ζοσέ Μουρίνιο έχασε με 2-1 στη Βρέμη από τη Βέρντερ και έμεινε πίσω από τον Παναθηναϊκό, ο οποίος με γκολ του Καραγκούνη επικράτησε 1-0 της Ανόρθωσης. Στο 63’ ο Πιζάρο άνοιξε το σκορ και στο 81’ ο Ρόζενμπεργκ πέτυχε το 2-0, ενώ η Ίντερ το μόνο που κατάφερε ήταν να μειώσει στο 88’ με τον Ιμπραΐμοβιτς. Οι Γερμανοί πέρασαν στο ΟΥΕΦΑ σαν τρίτοι, ενώ η Ανόρθωση αποκλείστηκε.
Στον πρώτο όμιλο, η Τσέλσι κέρδισε 2-1 την Κλουζ στο “Στάμφορντ Μπριτζ” και πέρασε στους “16” μαζί με την Ρόμα, η οποία πήρε την πρώτη θέση επικρατώντας 2-0 της Μπορντό. Στο ΟΥΕΦΑ, σαν τρίτη πέρασε η Μπορντό, ενώ τέταρτη τερμάτισε η Κλουζ.
Στον τρίτο όμιλο, η Μπαρτσελόνα έχασε με 3-2 από την Σαχτάρ, αλλά πήρε την πρώτη θέση του γκρουπ, ενώ η Σπόρτινγκ Λισαβόνας κέρδισε 1-0 τη Βασιλεία και πήρε τη δεύτερη θέση, αφήνοντας τελευταίους τους Ελβετούς.
Τέλος, στον τέταρτο όμιλο, η Λίβερπουλ πέρασε με 3-1 από το “Φίλιπς Στάντιον” της Αϊντχόφεν και η Μαρσέιγ έμεινε στο 0-0 με την Ατλέτικο στο “Βελοντρόμ”. Οι “ρεντς” του Λίβερπουλ πήραν την πρόκριση για τους “16” σαν πρώτοι, μαζί με τη δεύτερη Ατλέτικο. Η Μαρσέιγ πήρε την τρίτη θέση, ενώ η Αϊντχόφεν τερμάτισε τέταρτη.
Οι βαθμολογίες των ομίλων
Α’ Όμιλος
| Ομάδα | Βαθμοί | Γκολ |
| Ρόμα |
12 |
12-6 |
| Τσέλσι |
11 |
9-5 |
| Μπορντό |
7 |
5-11 |
| Κλουζ |
4 |
5-9 |
Β’ Όμιλος
| Ομάδα | Βαθμοί | Γκολ |
| Παναθηναϊκός |
10 |
8-7 |
| Ίντερ |
8 |
8-7 |
| Βέρντερ Βρέμης |
7 |
7-9 |
| Ανόρθωση |
6 |
8-8 |
Γ’ Όμιλος
| Ομάδα | Βαθμοί | Γκολ |
| Μπαρτσελόνα |
13 |
18-8 |
| Σπόρτινγκ Λ. |
12 |
8-8 |
| Σαχτάρ Ντ. |
9 |
11-7 |
| Βασιλεία |
1 |
2-16 |
Δ’ Όμιλος
| Ομάδα | Βαθμοί | Γκολ |
| Λίβερπουλ |
14 |
11-5 |
| Ατλέτικο |
12 |
9-4 |
| Μαρσέιγ |
4 |
5-7 |
| Αϊντχόφεν |
3 |
5-14 |

