Ο καιρός δυσκόλεψε για δεύτερο συνεχόμενο αγώνα το Moto GP για το 2009, στο Motegi της Ιαπωνίας. Η δυνατή βροχή που έπεσε το Σάββατο πριν από τις κατατακτήριες δοκιμές και τα νερά τα οποία δεν έβρισκαν διέξοδο και έμειναν εγκλωβισμένα μέσα στο οδόστρωμα, ανάγκασαν τους κριτές να ακυρώσουν την διαδικασία. Οι οδηγοί πήραν την θέση εκκίνησης ανάλογα με τους χρόνους που είχαν στους δοκιμαστικούς γύρους. Στην πρώτη θέση βρέθηκε ο Vallentino Rossi, ακολουθώντας οι Stoner και Lorenzo αντίστοιχα στην δεύτερη και τρίτη θέση.
Από την αρχή του αγώνα, ο μικρός Lorenzo, έδειξε ότι ήθελε να παλέψει για την δεύτερή του νίκη στην μεγάλη κατηγορία, αφού ήταν ο μόνος που κατάφερε να μείνει κοντά στον Ιταλό πρωταθλητή. Στα μέσα του αγώνα έκανε αρκετές επιθέσεις στο ”γιατρό” και κατάφερε να τον περάσει στο δωδέκατο γύρο.
Ο Rossi έδειξε να αρκείται με την δεύτερη θέση αφού δεν επιχείρησε να περάσει τον Ισπανό. Η μεγαλύτερη και πιο ευχάριστη έκπληξη ήταν ο μικρόσωμος Danny Pedrosa. Ξεκινώντας από την τέταρτη γραμμή του grid, κατάφερε πολύ γρήγορα να βρεθεί στην τρίτη θέση όπου και παρέμεινε παρά τις επιθέσεις που δέχονταν από τον teammate του, Adrea Dovizioso. Ο Pedrosa δείχνει να ξεπερνά τον τραυματισμό του και να είναι έτοιμος και πάλι για την διεκδίκηση του τίτλου. Αξιοσημείωτο είναι ότι στην πέμπτη θέση βρέθηκε ο Stoner, με αποτέλεσμα να μην υπάρχει καμία Ducati στο βάθρο ύστερα από πολλούς αγώνες. 
Υποψηφιότητα για τον τίτλο ”Rookie of the year” έβαλε και ο Mika Kalio αφού έκανε ίσως τον καλύτερο αγώνα, αφού τερμάτισε στην έβδομη θέση ενώ είχε εκκινήσει απο την δέκατη έκτη.
Το επόμενο Moto GP έρχεται για πρώτη φορά στην Ευρώπη για το 2009 στην πίστα της Χερέζ στην Ισπανία (3-5-2009).
