Το Ε’ Τμήμα του Συμβουλίου της Επικρατείας με την υπ’ αριθμ. 2473/2010 απόφασή του έκανε δεκτή αίτηση κατοίκων και ιδιοκτητών ακινήτων του Δήμου Ζαχάρως Ηλείας που ζητούσαν να ακυρωθεί η από 30.5.2006 υπουργική απόφαση, με την οποία ενεκρίθησαν οι περιβαλλοντικοί όροι για την κατασκευή του τμήματος της Ιονίας Οδού που διέρχεται από τη λίμνη Καϊάφα. Ειδικότερα, όπως αναφέρεται στην δικαστική απόφαση, η λίμνη Καϊάφα εντάσσεται στο δίκτυο Natura 2000.
Ακόμη, το ΣτΕ έκανε δεκτούς τους ισχυρισμούς των προσφευγόντων ότι παράνομα επιλέχθηκε η χάραξη της Ιονίας Οδού από τον Τόπο Κοινοτικής Σημασίας της λίμνης Καϊάφα, χωρίς να εκτιμηθεί ότι αυτό θα έχει σημαντικές επιπτώσεις στη λίμνη, όπως και στην πανίδα και χλωρίδα της περιοχής.
Τέλος, το ΣτΕ έλαβε υπ’ όψιν του την προειδοποιητική επιστολή της Επιτροπής της Ευρωπαϊκής Ένωσης, η οποία έκανε ιδιαίτερη αναφορά στις σημαντικές επιπτώσεις του έργου κατασκευής της Ιονίας Οδού στο περιβάλλον της λίμνης Καϊάφα. Στην ίδια επιστολή αναφέρεται ότι δεν ελήφθησαν τα κατάλληλα μέτρα, με συνέπεια να τίθενται σε σοβαρό κίνδυνο τα οικολογικά χαρακτηριστικά της περιοχής.
